სამუზეუმო საქმიანობას ივანე ჯავახიშვილის სახელობის თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტში დიდი ხნის ისტორია აქვს.
  ჯერ კიდევ უნივერსიტეტის დაფუძნებამდე, ნიკო ცხვედაძის თაოსნობით აშენებულ სათავადაზნაურო გიმნაზიის შენობაში, ბინა დაიდო წერა-კითხვის გამავრცელებელმა და საისტორიო-საეთნოგრაფიო საზოგადოებამ, რომლებსაც უმდიდრესი სამუზეუმო კოლექციები ჰქონდათ. 1919 წელს, გიორგი ჩუბინაშვილმა განცხადებით მიმართა თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის გამგეობას და შესთავაზა უნივერსიტეტში ხელოვნების კაბინეტის ან მუზეუმის მოწყობის გეგმა.  მეცნიერის მთავარი არგუმენტი  ის იყო, რომ იმ დროისათვის უნივერსიტეტში თავი მოიყარა  უნიკალურმა ისტორიულ–მხატვრული ღირებულების მქონე ნივთებმა. 
 1921 წელს საქართველოს საეკლესიო სიძველეთა მუზეუმი ქართულ უნივერსიტეტს გადმოეცა. იმ დროს თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის შენობაში, საეკლესიო სიძველეთა მუზეუმის ექსპონატებთან ერთად, მრავლად იყო საისტორიო-საეთნოგრაფიო საზოგადოებისა და ხელოვნების ნიმუშები.
მუზეუმისათვის შეირჩა უნივერსიტეტის შენობაში არსებული გაუქმებული სამლოცველო, სადაც 1924 წლიდან განთავსდა ძველი ქართული ხელოვნების მუზეუმი.
 1925 წელს, განსახკომის განკარგულებით, წერა-კითხვის გამავრცელებელი საზოგადოების მუზეუმის კოლექციებიც უნივერსიტეტს გადმოეცა. უნივერსიტეტის მესვეურებმა, უნივერსიტეტის დაფუძნებისთანავე, პროფესორთა საბჭოს გადაწყვეტილებით, სხვადასხვა პროფილის კოლექციების შეგროვება დაიწყეს. ამ საშვილიშვილო საქმეში მათთან ერთად მონაწილეობდნენ პროფესორ-მასწავლებლები და სტუდენტები.  შეძენილ იქნა ცნობილი ფოტოგრაფის ვ.ერმაკოვის ფოტოების ნეგატივები, დ.მალუჟენკოს ენტომოლოგიური კოლექცია (63 000 ეგზემპლარი), კავკასიის რელიეფური რუკები, მინერალების კოლექცია...
   ეს ტრადიცია კვლავ გრძელდება. უნივერსიტეტის ამჟამინდელი მუზეუმი 2008 წელს უნივერსიტეტის წარმომადგენლობით საბჭოს გადაწყვეტილებით შეიქმნა და  მანამდე არსებული სამუზეუმო სტრუქტურები და ის კაბინეტები გააერთიანა, რომლებიც სამუზეუმო ფასეულობებს ფლობდნენ, მათ შორის იყო უნივერსიტეტში არსებული ვაჟა-ფშაველას კაბინეტი საკუთარი მდიდარი სამუზეუმო ფონდით, რომელიც  ცნობილი ქართველი მხატვრების  ფერწერულ და გრაფიკულ ნამუშევრებს მოიცავდა.   საბოლოოდ მუზეუმი  ისტორიის, არქეოლოგიის, ზოოლოგიის, მინერალოგიის, პალეონტოლოგიისა და ემიგრაციის ფონდების სახით ჩამოყალიბდა.
უნივერსიტეტში სხვადსახვა სამეცნიერო დარგების დაფუძნებასა და აღორძინებასთან ერთად თანდათან ამოქმედდა მინერალოგიის, პალეონტოლოგიის, ზოოლოგიის, ქართული ემიგრაციის მუზეუმები და სხვადასხვა მიმართულების (არქეოლოგიის, ვაჟა-ფშაველას და სხვა) კაბინეტები. მათ ბაზაზე 2006 წ. შეიქმნა ერთიანი თსუ მუზეუმი.
მუზეუმის საქმიანობის ძირითად მიმართულებებს წარმოადგენს: სამუზეუმო ექსპონატების მოძიება, დაცვა, ექსპონირება, სამუზეუმო კოლექციების ოპტიმიზაცია-რესტავრაცია. თსუ მუზეუმის მიზანია ამ პროცესში სტუდენტებისა და სხვა დაინტერესებული პირების ჩართვა.
თსუ მუზეუმი უნივერსიტეტის სასწავლო პროცესში აქტიურადაა ჩართული და ფაკულტეტებთან ერთად სისტემატიურად მართავს გამოფენებსა და კულტურული ხასიათის ღონისძიებებს. მუზეუმი, ასევე, ინდივიდუალურად გეგმავს გამოჩენილი საზოგადო მოღვაწეებისადმი მიძღვნილ საიუბილეო ღონისძიებებს, რითაც ხდება საუნივერსტეტო მემკვიდრეობისა და დამფუძნებლების პოპულარიზაცია. თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის მუზეუმის პირველი კორპუსის გუმბათქვეშა სივრცეში, სისტემატურად იმართება სხვადასხვა სახელოვნებო სფეროს წარმომადგენლების შემოქმედების წარმოსაჩენი აქტივობები. ნებისმიერ მსურველს უფასოდ შეუძლია მუზეუმის სივრცეში ღირებული ღონისძიების გამართვა, რაც სასწავლო პროცესს კიდევ უფრო საინტერესოს ხდის, რომელიც, ასევე საერთო კულტურული და ხელოვნების დონის წარმოჩენას უწყობს ხელს.
უნივერსიტეტის მუზეუმში ხშირად იმართება სხვადასხვა სახის კულტურული ღონისძიება უნივერსიტეტის წიაღში არსებული მიმართულებების ხელშესაწყობად. როგორიცაა: თეატრალური წარმოდგენები, გამოფენები, ადგილობრივი ვოკალური ჯგუფების კონცერტები, რომელთა დიდი ნაწილი წინასწარ დაგეგმილია ან სათანადო ჯგუფების მომართვიანობის შემთხვევაში დაიგეგმება. როგორც მოგეხსენებათ, თსუ პირველ კორპუსს მინიჭებული აქვს კულტურული მემკვიდრეობის სტატუსი, რაც მის მნიშვნელობას კიდევ უფრო ზრდის. ამ ისტორიულ შენობაში და მის მუზეუმებში ნებისმიერ მსურველს შეუძლია უფასოდ შესვლა (ცხადია, სამუშაო საათების ფარგლებში) და იქ განთავსებულ არქეოლოგიის, გეოგრაფიის, ვაჟა-ფშაველას, ისტორიისა და სახვითი ხელოვნების დარბაზების მონახულება. იმ შემთხვევაში თუ ვიზიტორს საფონდო მასალის გაცნობა მოუნდება, მაშინ კონკრეტული მუზეუმის მენეჯერის დახმარებით შეავსებს სპეციალურ ანკეტას და მისი ხელმძღვანელობით გაეწევა მეგზურობა, რაც ასევე, სრულიად უფასოა. რაც შეეხება უნივერსიტეტში ეზოში შემოსვლასა და არსებული პანთეონის მონახულებას ის დროში შეუზღუდავად ნებისმიერ მსურველს შეუძლია, რაც ასევე სრულიად უსასყიდლოა.